Dział „Zbiory” zawiera obszerny zbiór eksponatów znajdujących się w posiadaniu Muzeum Katyńskiego. Wszystkie pozycje ułożone są alfabetycznie. Na jednej stronie wyświetlanych jest piętnaście eksponatów, a pole nawigacji umieszczone na dole witryny pozwala na wygodne poruszanie się po kolejnych fragmentach „ekspozycji”. Kliknięcie w wybrany obiekt przenosi użytkownika do szczegółów danego eksponatu, gdzie znajduje się jego dokładny opis wraz z sygnaturą w archiwum, pochodzeniem, czasem znalezienia oraz dodatkowe fotografie przedmiotu.

Znajdująca się po prawej stronie wyszukiwarka pozwala na szybkie odnalezienie eksponatów odnoszących się do wybranych przez użytkownika słów kluczowych. Aby wyświetlić elementy zbiorów o pożądanej tematyce, należy w polu wyszukiwania wpisać poszukiwaną frazę i kliknąć przycisk „Wyszukaj”. Na stronie zostaną wówczas wyświetlone materiały zawierające dane wyrażenie w swojej nazwie lub w opisie.

Numer inwentarzowy Muzeum Katyńskiego składa się z:
– z liter MK oznaczających Muzeum Katyńskie,
– z numeru porządkowego,
– z liter oznaczających poszczególne INWENTARZE:
A – archiwalia,
CH – przedmioty wydobyte z dołów śmierci w Charkowie,
K – przedmioty wydobyte z dołów śmierci w Katyniu,
M – przedmioty wydobyte z dołów śmierci w Miednoje,
IC – fotografie zamordowanych (Charków),
IK – fotografie zamordowanych (Katyń),
IM – fotografie zamordowanych (Miednoje),
F – zdjęcia (np. z ekshumacji niemieckiej, współczesnych cmentarzy wojennych).

Wśród eksponatów w Muzeum Katyńskim znajduje się również depozyt Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Zaczyna się on od skrótu ROPWiM, dalej numer porządkowy, litera oznaczająca miejsce wydobycia przedmiotów oraz data wydobycia.